万历年间，天下太平。早年倭寇横行，幸得戚继光和俞大猷两位将军平定，终于换得今日的内外祥和。此时武林由四大家族坐镇，任何人试图开宗立派须经四大门派同意方可。某天，城内刀光四起，两名手持倭刀的神秘之人令武林大乱阵脚。当年戚继光从倭刀的持法中悟出玄机，因此对倭刀进行改良，以彼之道还之彼身，令倭寇闻风丧胆。随着戚继光去世和天下安定，戚家倭刀渐渐失传，中原武林也斥之为邪道不予承认。这二人正是戚家军营的高手，他们挑战四大门派，只望为戚家倭刀正名。
而武林各派也干脆将他们当作倭寇予以围捕，连归隐山中多年的霜叶城第一高手裘冬月（于承惠 饰）也下山擒贼……
幕后花絮：
赵圆圆在片中一人分饰两角，她以前没有学过功夫，导演为此专门请来了一个民间的武术老师加以点拨。拍戏过程中赵圆圆摔倒在地，好在没受重伤。
影片中的武打动作宋洋都亲自上阵。
电影评价：
邪念人人都有，练武和修道都不能将邪念去除。正如《道士下山》中那个岳王庙里的老者所说的，想要消除邪念，先要改变生活。所以在电影的最后，“倭寇”带着维族的女人牧马天山去了，而徐浩峰也同他一样，虽然最后未必胜得了正统的一代宗师，但至少已经用《倭寇的踪迹》这部电影在武侠片的“武林”里完成了“开宗立派”的目的。
无论是中国文化还是中国武侠，徐浩峰都给出了自己的突围方式——在数目字化的前提下依靠仁道来获得出路。当然，出路之后是什么？徐浩峰或许也不知道。一如鲁迅先生所言，前边是什么？前边是坟。如此看来，《倭寇的踪迹》是中国又一部不可多得的好电影。作为中国文人，我呼吁，影院适当给这部优秀的电影加场。中国文化与武侠要突围，徐浩峰的这部电影也愿它能够成功突围。此系为文，以期诸君共振与批评。
大节在于，这片子把武侠片所营造的那个虚幻的世界重新落在了实处，把历来虚写的“武”字浓墨重彩地勾画了出来，真正拍出了武者眼中的世界。中国的武侠片曾经不止一次地与真实的历史擦肩而过，《倭迹》开辟出的新路向，或许眼前看来还很稚拙，但意义却不可估量。因为它郑重宣告，从此武侠片又有了新的一派，它就来自那个传说中的世界，而且最终必将刷新整个武侠片的面貌。
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